Die Frage wäre, was sind noch weitere Punkte?
Threema z.B. ist eben proprietär, die Server stehen in der Schweiz (zentral) und die Quellen sind nicht öffentlich.
Es gibt quelloffene Messenger auf Standardprotokolle, Conversations ist einer davon.
Blabber.im ein anderer, der auf Conversations aufbaut.
Das Protokoll ist XMPP, mit dem man auch Videokonferenzen machen kann.
Für den Messenger braucht man ein Art email, die man kostenlos bei einem Provider seiner Wahl (z.B. jabber.de) registrieren kann.
Man kann analog zur Email auch mehrere Adressen haben, also seine Kontakte sauber trennen.
Da die Server dezentral sind, auch wie bei mail, gibt es keinen zentralen Server auf dem alles zusammenkommt.
Ach ja: End-to-End Verschlüsselung ist natürlich auch möglich.
Und wer möchte, kann auch einen eigenen XMPP-Server aufsetzen, und hat damit volle Hoheit über die Daten.
Bei Fragen gerne auch via PN.